Das prächtige barocke Gehäuse unserer Orgel ist von der ersten Orgel aus dem Jahr 1741 erhalten. Es ist mit Figuren des Bildhauers Antonius Merz geschmückt und prägt den Innenraum unserer großen Kirche.
Hinter dem historischen Prospekt verbirgt sich ein neu gebautes Schwellwerk, das vom Kirchenraum aus nicht zu sehen ist.
Das Innenleben des historischen Prospekts wurde komplett erneuert, wobei einige Register aus wertvollem historischem Bestand wiederverwendet wurden. Die Orgel hat drei Manuale und 48 Register, mechanische Spieltraktur und eine mechanisch/elektronische Doppelregistratur. Erbauer ist die Firma Goll/Luzern/Schweiz, die Einweihung der Orgel fand im Oktober 2005 statt.
Unsichtbar vom Kirchenraum aus, hinter dem Hochaltar steht die Chororgel (Steinmeyer, von Goll 2013/14 restauriert), die vom zweiten Manual der Hauptorgel aus anspielbar ist. Sie hat kein wertvolles Gehäuse.
Eine ausführliche Beschreibung mit Dispositionen unserer Goll-Orgel und der Chororgel finden Sie im Faltblatt Die Orgeln der Neustädter (Universitäts-)Kirche Erlangen.